Вероятно, самое простое - использовать один управляющий файл, который не заполняет столбец имени файла, и после загрузки каждого файла использовать SQLPlus для выполнения обновления, например:
UPDATE table SET filename='&1' WHERE filename IS NULL;
Таким образом, каждый новый набор строк загружается со значением NULL для имени файла, затем вы обновляете все строки, имеющие NULL, до текущего имени файла.