Предполагается, что программа работает в каталоге (X) на Mac или Windows.Вы можете закодировать его так:
//This will give the current working directory
String directoryPath = System.getProperty("user.dir");
//now get the platform dependent path
String filePath = directoryPath + File.separator + "data" + File.separator + "filename";
File fileToWriteTo = new File(filePath);
File.separator позаботится о платформе ... ваши файлы всегда будут сохранены под текущей рабочей директорией ... вы можете предоставить ярлыки для доступа к этим путям и расположить ихих на рабочем столе
Если пользователь может выполнить программу, которая пишет в этот каталог ... Я предполагаю, что пользователь также может получить доступ к файлам без проблем