Звучит так, будто вы, вероятно, хотите, чтобы одна из баз данных действовала как подчиненная для другой, поэтому любые обновления на главном сервере будут автоматически распространяться на подчиненную. Документация MySQL содержит довольно много подробностей об этом.
Если вы хотите иметь возможность обновлять одну из баз данных и реплицировать их в другую, я думаю, что можно также настроить MySQL для использования репликации с несколькими хозяевами.