Это будет зависеть от размера таблицы, но самый простой способ - просто удалить все строки, кроме тех, которые вы хотите сохранить, например:
DELETE FROM table WHERE ID NOT IN (1,2,3)
Если таблица большая, это может занять некоторое время, поэтому лучшим вариантом может быть создание временной таблицы, вставка в нее трех строк, которые вы хотите сохранить, усечение исходной таблицы и повторная вставка 3 строк. .