Причиной использования нескольких файлов XSD является то, что у вас есть два пространства имен схемы:
uuid:BDC6E3F0-6DA3-11d1-A2A3-00AA00C14882
uuid:C2F41010-65B3-11d1-A29F-00AA00C14882
Каждое из этих пространств имен будет определено в отдельном файле схемы xsd - я не знаю ни о каком путиобъединить эти два файла схемы (то есть иметь схему xsd, предназначенную для нескольких пространств имен).
Можно объединить много файлов схемы в набор схем, хотя как вы могли бы сделать это с помощью SSIS, я не уверен.
Более простым решением для вас может быть объединение пространств имен вместо двух пространств имен.