Можете ли вы опубликовать свой JQuery?Хорошее место для начала - использовать вкладку консоли Firebugs и запустить профилировщик, это укажет, какие функции выполняются дольше всего.
Во многих случаях я обнаружил, что использование простого javascript там, где это возможно, вместо jquery повысит производительность, например, функция .each () в jquery может быть написана как цикл for в javascript, для большихнаборы данных это может иметь большое значение.