Для редактирования - чтобы прочитать содержимое файла, удалить все, кроме буквенно-цифровых символов и пробелов, а затем записать результат в тот же файл, вы можете использовать:
$file= "yourfile.txt";
$file_content = file_get_contents($file);
$fh = fopen($file, 'w');
$file_content=preg_replace("[^A-Za-z0-9 ]", "", $file_content);
fwrite($fh, $file_content);
fclose($fh);