Ну, это не имеет ничего общего с Коханой.Я бы порекомендовал вам не делать это через PHP, так как тогда у вас есть ограничения по памяти и времени.Если вы можете, используйте терминал.
mysql -u [username] -p [password] [database name] < [filename.sql]
Замените [value]
их соответствующими значениями.