Вам нужно будет открыть устройство с необработанным диском, в идеале с Windows API, а не с какой-либо частью стандартной библиотеки ввода-вывода файла C. Затем вы будете использовать Windows API для чтения и записи (но только если вы будете осторожны) необработанных секторов. Чтобы получить доступ для записи, диск обычно не должен быть подключен. Для этого вам нужны привилегии, предоставленные администраторам.
Начните с документации MSDN для CreateFile() и обратите особое внимание на раздел, озаглавленный «Физические диски и тома». Страницы Имена файлов и Имена устройств DOS также могут быть интересны.