Все зависит от того, какой это родительский контейнер, если оба прямоугольника находятся внутри StackPanel, тогда их не будет, вам придется либо создать собственный контейнер, либо использовать canvas в качестве родителя для этих прямоугольников.
Затем вы можете получить LocalToScreen или аналогичные методы, чтобы получить их абсолютные позиции по сравнению с экраном или верхним родительским окном и выяснить, перекрываются они или нет.