Я не использовал Junit и Jmeter вместе, поэтому я предполагаю, что setUp и tearDown являются частью Junit.
Учитывая, что я предполагаю, что Junit выполнит setUp, запустит скрипт Jmeter, затем запустит tearDown, когда Jmeter сообщит об этом.Поскольку JMeter использует один и тот же сценарий для нескольких потоков и не «завершается», пока не завершится последний поток, у вас не должно быть нескольких сценариев setUp / teardown.
Я бы попробовал сделать это с двумя потоками и посмотреть, что получится.