Самое простое решение - создать вашу таблицу, которая описывает вашу файловую иерархию следующим образом
item_id | name/descriptio/other rows you need | parent_item_id
Позже, когда вы создадите представление xml с полной и удобной иерархией, вы начнете с корневого каталога, у которого будет parent_item_id = 0 (или null) и item_id = 1, это будет ваш первый current_item_id. Вы добавляете это как узел xml к вашему xml. Затем вы начнете рекурсивно выбирать элементы, которые имеют parent_item_id = current_item_id, и добавляете их как дочерние узлы к текущему узлу xml.
Вся тяжелая работа, рекурсия сделает за вас.