Я бы посоветовал вам обратить внимание на настройку веб-служб для выполнения пользовательской синхронизации - sqlite не является MSSqlServer в любом виде или форме, и я не знаю ни о каких библиотеках, которые будут выполнять автоматическую синхронизацию, поэтому наилучший подход, вероятно,чтобы получить знание предметной области о том, как ваши данные (или ваши сущности) могут меняться на каждом конце процесса, и написать веб-сервисы, отражающие эти изменения: извините - для этого нет волшебной палочки.
(Отредактированодобавим, что конец сервера веб-сервисов будет MS, а клиентом веб-сервисов будет iPhone.