Действительно, есть временная папка, но вы обычно сохраняете загруженный файл в коде (если вы говорите о ASP.NET):
ASPX-файл:
<asp:FileUpload ID="FileUpload1" runat="server" />
CS-файл:
FileUpload1.SaveAs("C:\\YOUR LOCATION\\" + FileUpload1.FileName);
Если вам нужно установить местоположение временной папки по любой другой причине (что возможно), уточните.