Если найдено решение здесь: http://ajaxcontroltoolkit.codeplex.com/workitem/24417
Пришлось добавить javascript, чтобы изменить свойство controltovalidate для внутреннего текстового поля.
string script = string.Format(@"if({0}) {0}.controltovalidate = ""{1}_TextBox"";", this.reqValidator.ClientID, this.ddlCombo.ClientID);
ScriptManager.RegisterStartupScript(this, this.GetType(), string.Format("validator trick for {0}", this.ClientID), script, true);