Являются ли призмы dll одинаковыми для обеих платформ?
Если это так, я предполагаю, что они являются сборками Silverlight, поскольку Silverlight (последний проверенный мной) не может ссылаться на сборки не Silverlight.
В последней версии Prism-v4 сборки WPF и Silverlight отличаются.
Спасибо, Дамиан