Свойство z-index работает только для элементов, которые являются родственными элементами в дереве;он не позиционирует детей относительно своих предков.Дочерние элементы обычно выше своих родителей в z-порядке.У вас должны быть и другие сумасшедшие вещи CSS.
Можете ли вы создать страницу, которая минимально воспроизводит проблему и содержит ссылку, а также поведение, которое вы ожидаете увидеть?