Согласно документации , код ошибки 1619 указывает, что пакет не может быть открыт.
Обычно это означает, что что-то еще имеет открытую блокировку для файла в то время, когда nant пытается выполнить msiexec - распространенная проблема, если у кого-то еще открыт Windows Explorer для S:\Work\Sources\Installation\Setup\LastBuild\WiseSetup Server.msi
в вашем примере это, вероятно, просто попытка создать миниатюру.
Вставьте тайм-аут / ожидание перед выполнением этой задачи nant и посмотрите, поможет ли это, если это так, то что-то еще удерживает ваш файл - это также объясняет, почему это происходит успешно, когда вы запускаете команду вручную,к тому времени замок был снят.