Если ваша dll - это com dll, которая работает только на сервере (не на клиенте), ее можно добавить в качестве ссылки в веб-приложение .net, которое использует функциональные возможности вашей dll.
Visual Studio автоматически создает оболочки, необходимые для использования его в .net, когда вы добавляете ссылку на вашу библиотеку.
В этом случае вам необходимо преобразовать / переписать графический интерфейс из вашего exe-файла в.NET веб-формы.
Я думаю, что это будет лучшим компромиссом для вашей ситуации.Если у вас много бизнес-кода в вашем exe-проекте, было бы неплохо использовать его в dll-проекте VB6, удаляя всю GUI-часть кода, чтобы минимизировать работу, необходимую для преобразования кода.NET (так что у вас есть только часть GUI в веб-приложении .NET).
Этот подход не потребует никакой дополнительной работы в ваших dll, если они не зависят от компонентов GUI.