Я не знаю ни одного параметра конфигурации в maven-eclipse-plugin, который позволил бы изменить порядок classpathentry
в сгенерированном .classpath
.
Предполагая, что это именно то, что использует Eclipse, изменение порядка потребует исправления плагина.
Другой вариант - использовать m2eclipse, который дает вам то, что вы ищете, из коробки.