Оформить эту статью.
Делает именно то, что вы хотите.
По сути, вы "делегируете" разделы вашего конфигурационного файла другому файлу.
В вашем случае вы бы делегировали разделы вашего конфигурационного файла в консольном приложении, чтобы прочитать настройки из web.config в вашем веб-приложении.