http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/en/user-resources.html
Начиная с MySQL 4.0.2, вы можете ограничить доступ к следующим ресурсам сервера для отдельных учетных записей:
Количество запросов, которые учетная запись может выполнить в час
Количество обновлений, которые учетная запись может выпустить в час
Количество раз, которое учетная запись может подключаться к серверу в час
Дополнительная информация -
MySQL не имеет значения тайм-аута запроса или какого-либо другого встроенного способа регулирования отдельного запроса.Тем не менее, довольно просто написать скрипт, который будет убивать длительные запросы.Вы можете даже захватить пользователя и выполнить запрос, чтобы позже победить обидчика / программиста.
Здесь является примером использования PERL.