Насколько я могу судить, это невозможно, потому что - как вы правильно заметили, в MXML невозможно назначить метаданные на уровне свойств.
Но объявление контрактов скина в MXML выглядит какэто пошло бы вразрез с духом архитектуры Skinning, которая заключается в том, чтобы отделить представление компонента от логики его реализации.
И, учитывая, что все в объявленном MXML имеет значение, он по своей сути связывает компонент сskin.
Т.е.:
<!-- labelDisplay has a value -->
<s:Label id="labelDisplay" />
vs
[SkinPart]
public var labelDisplay:Label; // labelDisplay == null;
Аналогично, большая часть самой логики компонента будет заканчиваться блоком <fx:Script />
, который, вероятно, будетлучше подходить в отдельном классе.