Мое предложение, если вы хотите запустить приложение в Linux и Windows, перейдите на JAVA !. Вы можете запустить свою программу без необходимости компиляции. в противном случае вам придется распространять отдельный двоичный файл как для Windows, так и для Linux.
Также программирование в Windows и Linux для доступа к SerialPort в C ++. Поскольку я предварительно являюсь разработчиком Windows C ++, вы можете использовать CreateFile WIn32 Api для доступа к последовательному порту.