Что-то вроде этого должно сделать это для вас:
private IEnumerable<Int16> getShorts(string fileName, int start, int count)
using(var stream = File.OpenRead(fileName))
{
stream.Seek(start);
var reader = new BinaryReader(stream);
var list = new List<int16>(count);
for(var i = 0;i<count;i++)
{
list.Add(reader.ReadInt16());
}
}
, что в основном и было написано CAsper только в коде