Я думаю, что ссылка на ScriptResource.axd недействительна.
AFAIK, строка запроса, которая присутствует в ScriptResource.axd, состоит из двух параметров (d и t). Параметр d представляет собой зашифрованную строку, которая содержит сборку, номер версии, если это применимо, и имя ресурса (то есть файла javascript), который встроен в указанную сборку. Шифрование основано на ключе машины. Параметр t - это дата обновления сборки (в тиках).
Если вы посмотрите на Reflector и посмотрите на сборку System.Web и посмотрите на UI.Page, то есть частный метод DecryptString. Я не на Windows в настоящее время, но если вы посмотрите вниз DecryptString, вы увидите, что в конечном итоге вы получите исключение "Invalid viewstate".
Существует несколько различных способов создания составных сценариев и объединения сценариев. Но я не думаю, что какой-либо из элементов управления ScriptManager (у AjaxToolKit тоже есть) действительно справился с этой задачей. На практике я обнаружил, что у вас всегда есть несколько сценариев снаружи.
Несколько других ресурсов для рассмотрения: посты Омара Аль Забира в codeproject: http://www.codeproject.com/KB/aspnet/HttpCombine.aspx и http://www.codeproject.com/KB/aspnet/fastload.aspx. У Омара также есть хорошая книга, в которой рассказывается о производительности.
Также в проекте кода у Moiz Dhanji немного другой подход: http://www.codeproject.com/KB/aspnet/AspNetOptimizer.aspx.