На базовом уровне FindBugs работает с байт-кодом Java. Содержится ли это в JAR или в виде файлов .class в структуре каталогов, это не имеет значения. Однако, поскольку Android (насколько мне известно) не выполняет байт-код Java, вместо этого он выполняет «исходный код Java, скомпилированный в исполняемый байт-код Dalvik» [1], и FindBugs не будет анализировать его.
Так что, хотя есть возможность использовать FindBugs без файлов Jar, для этого требуются файлы Java .class, поэтому я не думаю, что он будет работать с Android APK. Однако, если возможно скомпилировать ваш исходный код с использованием Java, для анализа будут файлы .class.
[1] Это, вероятно, технически неточно, надеюсь, вы понимаете, о чем я.