Я думаю, что хорошее правило состоит в том, чтобы решить, какой ресурс дешевле для вас, дискового пространства или памяти. Если это позже, чем перейти на решение на основе БД, в противном случае используйте файловую систему.
Сказав это, идея хранить 2 МБ pdf-файлов в качестве BLOB-объектов в MySQL звучит не столь эффективно.