Да, вы можете использовать db.ReferenceProperty , чтобы сделать именно это.
Ссылочное свойство просто хранит уникальный ключ сущности, на которую оно ссылается.Таким образом, каждая из сущностей матери и отца может содержать копию ключа, соответствующего их ребенку, например:
class Child(db.Model):
... # child properties
class Father(db.Model):
child = db.ReferenceProperty(Child)
...
class Mother(db.Model):
child = db.ReferenceProperty(Child)
...