Я не верю, что вам нужно знать. Когда файл загружен, вы получите расширение независимо от того, включена ли у пользователя эта опция в Проводнике.
И наоборот, когда они сохраняют файл, вы отправляете его обратно с расширением, но Explorer скрывает его, если у них включена опция.
Не должно иметь значения, как вы кодируете свое приложение.