Хороший вопрос (+1) - можно подумать, что это как-то возможно ...
Глядя немного ближе, мы обнаруживаем, что наблюдаемое поведение публикации на самом деле не является функцией технологии ClickOnce, а является одним из Мастер публикации Visual Studio - см., Например, раздел Структура папки публикации ClickOnce in Процесс публикации ClickOnce :
Если вы вручную создаете или обновляете публикацию приложения ClickOnce, используя Mage или пользовательский инструмент, вы не ограничены этой папкой и структурой файла . Для любой конкретной публикации ClickOnce цепочка зависимостей включает следующее: [...] [emphasis mine]
Пошаговое руководство : развертывание приложения ClickOnce вручную дает тот же вывод, т. Е. Структура папок, используемая VS, является просто (разумным) соглашением / подходом.
К сожалению, мастер публикации VS не предлагает удаления старых версий, по крайней мере, он нигде не виден и не документирован. Однако, учитывая, что полученная структура папок является просто артефактом процесса сборки, вы можете также добавить пользовательский шаг сборки, выполнив это просто - выяснение деталей (то есть доступ к свойствам автоматизации VS для получения последней опубликованной версии и т. Д.) за пределами вашего вопроса, хотя;)
Относительно вашего подвопроса:
Я надеюсь, что удаление старых каталогов не должно быть проблемой.
Определенно, это не проблема, это зависит только от того, сколько из них вы хотите сохранить для операций отката, см., Например, Можно ли удалить предыдущие старые версии из папки публикации, созданной ClickOnce?