Такие программы, как Sun Grid Engine и Mosix, позволят вам отправить все ваши работы сразу и автоматически распределят их нагрузку (это означает, что они будут помещены в очередь, так что на данном узле одновременно будет работать только нужное число).
У меня был хороший опыт в научных вычислениях (в Linux с bash), и я очень рекомендую.