Вы создаете как главную, так и вложенную главную страницу.
И в действиях контроллера, когда вы возвращаете представление, вы можете установить главную страницу для представления в зависимости от ваших потребностей.
return View("yourviewname", "yourmasterpage", yourdata);
Если вы не хотите устанавливать мастер-страницы для каждого действия, подобного вышеприведенному вызову, вы можете написать класс, который реализует IResultFilter, и динамически назначать главные / вложенные мастер-страницы в переопределении OnResultExcecuting.
var viewResult = fitlerContext as ViewResult;
viewResult.Master = "yourMaster"