На данный момент, вот как я заставил его работать (спасибо zmf).
Criteria subcrit = criteria.createCriteria("Reports");
Disjunction dis = Restrictions.disjunction();
for (Reports r : selectedReports) {
dis.add(Restrictions.idEq(r.getID()));
}
subcrit.add(dis);
Это почти точно то, что предложил zmf, все, что я добавил, - это дизъюнкция для построения критериев из коллекции, которая передается.
Осталось только попробовать использовать коллекцию напрямую ...