У меня была такая же проблема. Лучшая информация, которую я смог найти, была на самом веб-сайте Apache (http://santuario.apache.org/c/programming.html), документации по API и просмотре кода примеров и инструментов (таких как templatesign), которые они предоставляют.
Этой информации в сочетании с некоторыми экспериментами мне было достаточно, чтобы подписать и проверить документы XML. По сути, я просто использовал templatesign и CheckSig в качестве отправной точки.
Наибольшее количество проблем у меня было с C14N, поэтому, если что-то не работает, попробуйте сбросить потоки необработанных данных, которые Apache использует внутри, и проверьте, действительно ли он подписывает / проверяет то, что вы ожидаете.