Не уверен, правильно ли я понял, чего ты хочешь добиться. Но вы можете создать HQL-запрос (с проекцией), чтобы запрашивать только те столбцы, в которых вы заинтересованы, например:
select a.whatever, b.id from A a join a.b b
После этого вы предоставляете реализацию для интерфейса ResultTransformer и задаете для него query
объект с query.setResultTransformer(yourTransformer)
Ваша реализация преобразователя результатов отвечает за создание экземпляров для A
и B