Оба имеют свой собственный механизм, чтобы избежать пользовательского ввода. Я предпочитаю Query Builder, потому что думаю, что потом его легче читать. Но это только вопрос вкуса. Оба одинаковы и имеют одинаковые ограничения.
Оффтоп: взгляните на ORM, который поставляется с Kohana 3. Он действительно прост и работает как шарм. Я использую конструктор запросов только для сложных запросов.