Вы должны также импортировать G
из __main__
import networkx as nx
def test(G):
for e in G.edges_iter():
print(e)
if __name__=='__main__':
from timeit import Timer
G = nx.DiGraph()
G.add_edges_from([(1,2),(4,5)])
t = Timer("test(G)","from __main__ import test,G")
print( t.timeit(1))
Обратите внимание, что я также исправил оператор импорта.