Вероятно, это потому, что ваши файлы классов находятся в пакете.Скажем, у вас есть файлы .java в каталоге src, а ваши классы скомпилированы в каталог bin.Если ваш основной класс находится в пакете с именем org.example, то вы запустите программу из командной строки следующим образом (убедитесь, что вы находитесь в каталоге bin, а не в src):
C:\MyProject\bin> java org.example.MyClass