Взгляните на пример animation_blit_qt4.py.
Вы должны проверить размер фигуры вручную, и если он изменился, вам нужно снова нарисовать фон.
Вот та часть, которая делает это из примера qt, self - это рисунок Canvas:
current_size = self.ax.bbox.width, self.ax.bbox.height
if self.old_size != current_size:
self.old_size = current_size
self.ax.clear()
self.ax.grid()
self.draw()
self.ax_background = self.copy_from_bbox(self.ax.bbox)