Это не хорошо и не плохо.
Зависит от того, что вы хотите сделать. Если вам нужен простой, как может быть, ограниченный набор веб-страниц, этого достаточно. Проблемы начинают появляться, когда вы хотите отдельную таблицу стилей для каждой страницы. Затем некоторые страницы используют скрипт, другие включают другой скрипт. В этих случаях заголовки будут отличаться от страницы к странице (они МОГУТ быть одинаковыми, но не рекомендуется включать файлы, которые вы не используете).
Тогда, если вы создаете какое-то взаимодействие на сайте, это просто не сработает. Это не способ программирования. Там нет места для реального кода PHP. Вы, конечно, можете включить PHP-код, но смешивать PHP и HTML таким способом крайне вредно.
Лучший способ заставить PHP работать на вас в этом случае - это использовать какую-то платформу или CMS. Если вы хотите создать веб-сайт со страницами с небольшим взаимодействием (например, веб-сайт для компании, некоторые презентации, новостной сайт, блог) - используйте CMS, такие как Wordpress, Joomla, Drupal, DLE. Если вам нужно что-то более сложное, например, какое-то веб-приложение на основе PHP, используйте фреймворки MVC, перейдите на фреймворк Zend или что-то более простое и компактное (здесь я чрезвычайно субъективен), например CakePHP, CodeIgniter или Symfony.