В зависимости от количества расширений оболочки и типа цитирования требуется несколько экранированных символов обратной косой черты:
awk '{ print $2 }' log.txt # none
ssh $server "awk '{ print \$2 }' log.txt" # one
CFG=`ssh $server "awk '{ print \\$2 }' log.txt"` # two
CFG=$(ssh $server "awk '{ print \$2 }' log.txt") # one (!)
В качестве хитрости вы можете поставить пробел между знаком доллара и двумя, чтобы предотвратить все расширение $. Awk все равно склеит это:
CFG=`ssh $i "cat log.txt|awk '{print $ 2}'"`