Все, что у вас есть .war, поднимается в AppEngine. Я не вижу, как части этого будут выборочно исключены. Более вероятно, что ваше приложение зависит от того, что скрывается где-то на вашем компьютере, но не включено в этот файл .war.
Однако не должно ли ваше приложение проверять эти ресурсы и генерировать исключения, если они не найдены? Если он молча терпит неудачу, я бы посчитал это недостатком дизайна.
Журналирование может помочь вам решить проблему. Вы можете просмотреть журналы вашей программы через консоль AppEngine. Я рекомендую больше проверки ошибок и регистрации.
Что еще нужно проверить, это не запускать ту версию программного обеспечения, о которой вы думаете. Существует своего рода механизм управления версиями, который позволяет вам развертывать различные параллельные версии вашей, и только одна будет фактически доступна. Одна из вещей, которые вы должны регистрировать и / или делать доступными для других целей, это некоторая информация о версии (возможно, даже с отметкой времени сборки) для сборки вашего приложения.