Более простое решение - все это обрабатывать во Flash.Это дало бы вам более полный общий контроль.
Если вы обрабатываете это как с Javascript, так и с Flash, вероятной проблемой будет необходимость ждать загрузки фильма до его начала.
Вы можете, например, вызвать функцию Javascript из первого фильма, когда он завершит воспроизведение, но вы не сможете избежать задержки между двумя фильмами, пока загружается второй фильм.
Если по некоторым причинам,у вас нет доступа к коду ни в одном из этих фильмов, создайте третий фильм, который будет действовать как контейнер для обоих SWF-файлов, где вы сможете отслеживать ход загрузки и реагировать соответствующим образом.