Работает с методом Navigate (). Я только что попробовал это с эмулятором Pocket PC Windows Mobile 5.0.
Например:
webBrowser1.DocumentText = @"<html><head>
<script type='text/javascript'>
function doIt() {
alert('hello again');
return 'i did it!';
}
</script>
</head><body>hello!</body></html>";
webBrowser1.Navigate(new Uri("javascript:doIt()"));