Если вы просто отображаете FlowDocument и не печатаете его, вы можете реализовать верхние и нижние колонтитулы, создав шаблон элемента управления для FlowDocumentPageViewer.
В шаблоне разместите текстовые блоки над и под DocumentPageView и связайтеих к соответствующим значениям.
Например, если вам нужен номер страницы:
<TextBlock Text="{Binding Path=MasterPageNumber, RelativeSource={RelativeSource TemplatedParent}" FontSize="14" FontWeight="Bold" />
и т. д. для заголовка и т. д.
Вы можете переносить текстовые блокии DocumentPageView с рамкой, поэтому все выглядит как одна страница.