Ну, вы можете использовать subprocess.Popen с Shell = True и cwd = "Ваш желаемый рабочий каталог"
EDIT: Похоже, что вызов имеетте же аргументы, так что просто установка аргумента cwd будет работать:
subprocess.call(["/home/blah/trunk/blah/run.sh", "/tmp/ad_xml", "/tmp/video_xml"], cwd="PATH")