Это даст вам идентификаторы, которые есть только в list2:
var ids = list2.Select(x => x.Id).Except(list1.Select(x => x.Id));
Если ваши объекты сравниваются равными, когда они имеют одинаковый идентификатор, вы можете упростить его до:
var objects = list2.Except(list1);