Вы не должны использовать LIMIT в своем запросе, поскольку он будет возвращать только первые 100 результатов, и я предполагаю, что вы хотите получить все из них, но обрабатывать их партиями по 100 каждый раз.
Вот что я бы сделал (основываясь на вашем примере кода):
query = GqlQuery("SELECT * FROM myTable WHERE accountId =
'agdwMnBtZXNochALEglTTkFjY291bnQYpQEM' and
lastUpdated > DATETIME('0001-01-01 00:00:00') ORDER BY lastUpdated ASC")
dataLookup = query.fetch(100) # get first 100 results
for dataItem in dataLookup:
# do processing
myCursor = query.cursor() # returns last entry of previous fetch
if myCursor:
# get next 100 results
dataLookup2 = query.with_cursor(myCursor).fetch(100)