Поскольку вы указываете, что ваше приложение написано на C #, а SQLite написан на C, вы должны ссылаться на DLL-библиотеку SQLite. Когда вы распространяете свое приложение среди клиентов, вам нужно будет включить ваш exe-файл, SQLite DLL и MSVCRT.DLL, от которых зависит SQLite DLL. Если у вас есть предварительно запеченные данные в базе данных, которая должна сопровождать ваше приложение, вы можете также распространять их вместе со своим кодом. Если предварительно запеченные данные отсутствуют, вы можете программно создать новый пустой файл .db на компьютере клиента при первой загрузке приложения.
DLL-библиотека SQLite и ее зависимость MSVCRT могут быть просто скопированы в тот же каталог, что и exe-приложение. Это просто «установка xcopy», для SQLite не требуются параметры реестра или MSI.